シナリオ名	シャアの反乱
ルート	独立軍ルート		完全平和ルート		OZルート
シナリオ ストーリー	コロニーと地球の橋渡しで多忙に過ごすアムロ達であった。 あれから４ヶ月経ったが、ガンドールの改造も終わり、ブライト達の救出作戦も明日に控えていた。 ブライト達が旅立った後、ムゲ帝国の進軍が一切なかったこともあり、彼らの成功及び生存の可能性は高いと判断できた。 次の日、月基地にいる葉月博士から「ガンドールの改造もうまくいった。これから出発する。」と連絡が入る。アムロ達は吉報を待つしかなかった。 しかし、そんな折スウィートウォータがネオ・ジオン軍と名乗る艦隊に占領されたとの情報が入る。ネオ・ジオンの主導者はなんとシャア・アブナブル（クワトロ大尉）であった。サリィの報告では、ネオジオン軍がアクシズ＋ホワイトファングの残党の集まりだと言う事、スィートウォーター政庁がネオジオン政権を認めると発言している事、フィフス・ルナを地球復興の中心になっている欧州に落とそうとしている事の３点であった。とにもかくにも、フィフス・ルナの落下を阻止すべく、地球で活動しているショウ達を呼び戻し行動することにする。 シーラやショウ達が戻り、アナハイムで調達できた戦艦ラー・カイラムも到着した。銀鈴とカトルは戻ってきていなかったが、フィフス・ルナを止めるため現場へと向かう。
参入パイロット （ユニット）	マシュマー（ザクIII改） ※アクシズの攻防前編で説得している キャラと2者択一 8ターン目に援軍として登場			キャラ（ゲーマルク） ※アクシズの攻防前編で説得している マシュマーと2者択一 8ターン目に援軍として登場
	−（ノイエ・ジール）			ヘンケン（ラー・カイラム）
離脱パイロット （ユニット）	−			−
説得可能敵キャラ （説得するキャラ）	ミリアルド（ノイン）※独立軍ルートのみ			−
入手アイテム	プロペラントタンク（ギュネイ）			リペアキット（レズン）
	サイコフレーム（シャア）			高性能レーダー（ガトー）※OZルートの場合
	高性能レーダー（ミリアルド）※独立軍ルートの場合
クリア後 ストーリー	シャアを退けたが、フィフス・ルナが地球に落ちるのを阻止するのに失敗し、苦渋をなめさせられたアムロたちであった。一方、非常勧告を出していた地上では、レディ・アンのＯＺが住民の避難の手伝いをしていた。 自責の念にかられるアムロであったが、この数ヶ月間宇宙を飛び回って板のにもかかわらず、シャアやネオジオンの情報が入ってこなかったこと、これだけの戦力を整えたことに疑問を持つ。推測では、コロニーの住人が隠していたとしか考えられなかった。エルの話では、一年戦争の後情報から遮断されていたコロニーの住人達は、戦争が終わればまた元の状態に戻ることを危惧している人達がいても可笑しくはないとの事。自分達の行動が、コロニーの人々に伝わっていないことに憤りを感じる一行であった。 その後シャア艦隊の動きは、地球を回ってサイド１から離脱するのではないかと予想されていた。 だが、アムロはこれにも疑問を感じる。冷静に状況を見据え、アムロはシャアの本当の狙いがアクシズの落下であると判断を下した。現在アクシズはコロニー再生の資源としてウィナー家の管理下におかれマグアナック隊が警備を行っているが、ネオジオンであればすぐに陥落できるとの事。しかし、その行動を阻止するのにはアムロ達はアクシズから離れすぎていた。しかも、ブライト達の帰還がまだであるため、戦力的にも非常に厳しいものがあった。そこで、一旦サイド１へ帰還する。 サイド１到着後、アクシズがネオジオンの手に落ちた事を聞く。 アムロの予想が当たっていた。そこで、シャアそしてアクシズを止める作戦をするべく補給を急ぐ。
備考	さて、大詰めが近づいています。 が・・これぐらいなら問題ないでしょ〜ってレベルです。ギュネイ＆ミリアルドorガトー＆シャアの3人がダミーを持っていますが、回数が少ないので、そんなに苦もなく倒せるでしょう。ただし、やはりシャアは曲者なので１ターンで片付けておきたい所です。 尚、シャアはHP30%以下で敵全軍撤退します。 3ターン以内に味方機が侵入した場合に5ｔｈルナの落下イベントが開始します。 このときレズンが残っていると撤退します。 ４ターン目にシャア＆ミリアルドorガトーが登場します。 とにかくお金を稼ぎたい！！って人はドンドン敵を倒していきましょう。
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