引用：国土交通省ホームページ
モーターボート等（特殊小型船舶以外の小型船舶）は１級小型船舶操縦免許証又は２級小型船舶操縦免許証を、水上オートバイ等（特殊小型船舶）は特殊小型船舶操縦免許証を有していなければ、これらの小型船舶に船長として乗船することはできません。
現在の免許区分は、従来（平成１５年６月以前）の１級から５級までの５区分から、ボート・ヨット用の「１級」、「２級」と水上オートバイ用の「特殊」の３区分に再編されています。
２級には旧制度の湖川小馬力と同様の「湖川小出力限定」の区分があり、エンジン出力は、旧制度の１０馬力未満から１５kw未満（約２０馬力）に拡大されています。
１級・２級の免許をお持ちでも水上オートバイを操縦するためには、「特殊」の免許を所有していなければなりません。
旅客船や遊漁船など人の運送をする小型船舶の船長になろうとする方は、、「特定」の免許を所有していなければなりません。
その他条件に、技能限定や設備限定があります
| １級小型船舶操縦士 | 小型船舶で操縦できる範囲は無制限です。但し、沿海区域の外側８０海里（約１５０キロメートル）未満の水域以遠を航行する場合は、６級海技士（機関）以上の資格を受有する者を乗り組ませねばなりません。 |
|---|---|
| ２級小型船舶操縦士 | 小型船舶で、海岸から５海里（約９キロメートル）までの海域を操縦できます。なお、年齢が１８歳未満の方は操縦できるボートの大きさが５トン未満に限定されます。１８歳に達すると、特に手続きは必要なくこの限定は解除され、次回免許更新時には限定の無い免許証が発行されます。 |
| ２級小型船舶操縦士 （湖川小出力限定） |
湖や川だけに利用する総トン数５トン未満、エンジンの出力１５キロワット未満の船を操縦できます。 |
| 特殊小型船舶操縦士 | 水上オートバイを操縦するために必要な免許です。湖岸や海岸から２海里まの水域を操縦できます。 |
※航行区域は、乗船する船舶の船舶検査証書に記載されている水域を超えることはできません。
旅客船や遊漁船など人の運送をする小型船舶の船長になろうとする方は、通常の試験（小型船舶操縦士試験）の合格に加えて、小型船舶操縦者としての業務を行うに当たり必要となる海難発生時における措置、救命設備等に関する「小型旅客安全講習」の受講が必要です（平成１５年６月以降の新規免許取得者に限ります）。
「小型船舶」とは、総トン数２０トン未満の船舶です。但し、総トン数２０トン以上のプレジャーボートで、次の要件の全てを満たしている場合には、小型船舶に含まれます。
１． 一人で操縦を行う構造であるもの
２． 長さが２４メートル未満であるもの
３． スポーツ又はレクリエーションのみに用いられるもの（漁船や旅客船等の業務に用いられないもの）
小型船舶にもその船舶が航行できる範囲が決められています。たとえ操縦免許で許されていてもこれを超える水域を航行することはできません。
「特殊小型船舶」とは、水上オートバイ、水上バイク、ジェットスキー、マリンジェットなどと呼ばれており、小型船舶であってその構造その他の事項に関し次の基準に適合するものです
１．長さ４メートル未満、かつ、幅１．６メートル未満の小型船舶であること。
２．定員が２名以上の小型船舶にあっては、操縦位置及び乗船者の着座位置が直列のものであること。
３．ハンドルバー方式の操縦装置を用いる小型船舶その他の身体のバランスを用いて操縦を行うことが必要な小型船舶であること。
４．推進機関として内燃機関を使用したジェット式ポンプを駆動させることによって航行する小型船舶であること。
５．操縦者が船外に転落した際、推進機関が自動的に停止する機能を有する等操縦者がいない状態の小型船舶が船外に転落した操縦者から大きく離れないような機能を有すること。
「沿岸小型船舶」とは、沿海区域を航行区域とする小型船舶であって、その航行区域が次に掲げる区域に限定されているものです。
１．平水区域
２．本州、北海道、四国及び九州並びにこれらに附属する島でその海岸が沿海区域に接するものの各海岸から五海里以内の水域
「二時間限定沿海小型船舶」とは、沿海区域を航行区域とする小型船舶であつて、その航行区域が平水区域から当該小型船舶の最強速力で二時間以内に往復できる区域に限定されているものをいう。
