外でカップ麺を啜っていた銭形は塔の風車のわずかな異変に気付き、部下を連れ、塔へ。ルパンが水の出口から出られず、身を潜めていると、銭形に部下から引き上げ命令が届き、銭形は電話へと向かう。
だが本部に電話を切られた銭形は、伯爵に抗議に向かう。しかしグスタフ達に追い返され、部下と戻る。するとグスタフの元に銭形に変装したルパンが駆け現れ、グスタフを焚きつけ、衛士隊と警官隊の大乱闘に発展させ、その隙にルパンは内部へと潜入する扉を開けるが、ルパンの策と気付いた銭形が乱闘を抜け、追いかけてドアを開け入ると、トラップが作動して落とし穴へ。ジョドーが現れ、罠を解除してグスタフを呼びに行く。
助かったルパンはトラップを戻して中へ。乱闘を制したグスタフを連れ、戻ったジョドー達は罠にかかり、落下した。
ジョドーは伯爵に詫び、伯爵は銭形警部は先に帰ったと警官達に伝えて帰すよう指示した。
ルパンは調査中の不二子と１年ぶりの再会。クラリスの居場所が北の塔の上部と知るや、壁をよじ登り、ロケットを使い、ワイヤーを塔まで張ろうとするが、火が点かず、ロケットが転がり落ち、拾おうと降りて勢いが付き、そのまま２段ジャンプで北の塔へと飛び移った。
中に入ったルパンは、クラリスに指輪を返し、救出を約束。消極的なクラリスに手品を見せて喜ばせるが、武装集団と伯爵が現れ、ルパンは追い込まれて落とし穴へ。
伯爵は二つのカリオストロ家が光と影に分かれ、国を支えるため悪虐の限りを尽くし、二つの指輪を重ね合わせる事で財宝が現れる事をのたまうが、どこからともなくルパンの声が。クラリスの指輪はルパンの作った偽物で、指輪は爆発。穴のトゲを掴んでいたルパンは水で流され、伯爵は指輪の捜索を命令した。
今度こそベルトワイヤーで降下したルパンは、多数の亡骸に驚きつつ、さまよっていた銭形と遭遇。銭形もこの国の闇に着目し始め、２人は就寝した。
翌朝、伯爵の手の者が睡眠中の２人を奇襲。だがカモフラージュしていた２人は返り討ちにし、ルパンは逃亡者を追って水路を見つけ、出入り口のジョドー達を逆に閉じ込め、２人は脱出し、上へ上がると、そこには世界中の紙幣が置かれた偽札工場があった。
そのあまりの規模に、そして戦争や世界恐慌の引き金となり、多くの偵察者達を死に追いやった偽札の発端を目の当たりにし、銭形は警察官として見過ごせず、２人は休戦をする。
一方、引き潮と感じた不二子は本性を現し、クラリスと階下の騒動を眺めていると、地下の偽札工場を火事にして、礼拝堂に出た２人がオートジャイロ乗り場へと駆け上がるのを目撃。ルパン達はオートジャイロを飛ばし、ルパンのわがままで北の塔へ。
強化ガラスは不二子の手榴弾にびくともせず、ルパンは不二子に追手の相手を任せて、屋上からクラリスを救出。そして操縦に不慣れな銭形のジャイロを追いかけ、ルパンは背後から撃たれ、ジャイロも尾翼をやられてしまう。
倒れたルパンにとどめを刺そうとする伯爵の前に身を挺したクラリスは、伯爵がルパンを見逃す条件として、指輪と共に戻る事にし、不二子の告げ口で、ルパンの襟元から指輪を回収する。
だが伯爵はクラリスと指輪を確保したら、ジョドーにルパン射殺を企んでいた。すると銭形のジャイロが滑り込むように塔の屋根を伝い、不二子はルパンを回収してジャイロに飛び乗り、クラリスは伯爵達の銃撃を抑え込むものの、指輪を奪われてしまう。
不二子は借りを口にし、ハンググライダーで飛び去り、ジャイロは不時着。投げ出されたルパンを次元達が回収して、退却した。
銭形は本部に戻り、くすねた証拠を前に、幹部達からの出動命令を求めるが、国家ぐるみという規模の大きさ、そして世論は伯爵側に付き、さらに各国の思惑が絡み、銭形達は任を解かれて、帰国命令を出されてしまう。
一方、ルパン達は古城に居た老人の元に身を寄せ、手術を受け、休養していた。そして目覚めたルパンは老人に付き従う老犬をカールと呼び、驚く老人が、カールはクラリスの少女時代の愛犬で、名前はクラリスと自分しか知らないと明かす。だがそれでクラリスの事を思い出したルパンは、結婚式が明日と知り、回復を急ごうと食事をかき込み、就寝。
その夜、老人が次元達に、自分が大公家の元庭師で、カールをクラリスから託された事を明かし、起きていたルパンも過去を告白。かつて若かりしルパンは調子に乗ってカリオストロに潜入し、背中をやられ、茂みの中に隠れていたところをクラリス達に助けられていた。するとそこに不二子が新聞の切り抜きを投げ込み、バチカンから大司教が来る事を知らせて去り、更に、腐る銭形に電話で、ルパン逮捕なら出動して踏み込んでもお咎めは無いとアドバイス。
崖崩れが起き、渋滞が発生し、急ぐ大司教を乗せた車を現地の者が田舎道へ。不二子はテレビクルーに化け、大司教が城に到着した事を報じる。
夜、婚礼の儀が始まると、地下から亡者に扮したルパン一家が登場。その模様は中継され、外にいた銭形達も踏み込む。ルパンが手下達に剣で串刺しにされると、薬で口をきけなくされていたクラリスもショックで戻り、串刺しにされたルパンは人形で、爆発し、偽札が乱舞する。
伯爵が驚いていると大司教が指輪とクラリスを奪い、変装を解いてルパンが現れ、仕込み花火を合図に、次元の対戦車ライフルと五ェ門の斬鉄剣が唸る。逃げるルパンを伯爵が追い、銭形はルパンを無視して偽札工場へと不二子を誘い、全世界テレビ生中継で偽札作りを白日のもとに晒した。
ルパンは次元と五ェ門に任せてクラリスと先に行き、伯爵もジョドーに任せ、船で追う。
ルパンは時計台の紋章の前で指輪を向かい合わせ、現れたゴート文がすり減って読めないのをクラリスが補完。「高き山羊の眼に収めよ」にて謎が解け、２人は機関部へと向かうが、ルパンのワルサーがレーザーに溶かされてしまうものの、歯車を伝って上へ。そして破壊して入口を塞ぐ。
手下たちを倒したものの、ルパンと伯爵は歯車の上で一騎打ち。優勢だったが足を踏み外し、伯爵はクラリスを追い、時計台の針の上に追い詰める。だがルパンが指輪との取引を持ちかけ、謎を解き、指輪を置く。伯爵もそれに応じる、と見せかけ、手甲の指がミサイルとなってルパンを襲い、ルパンは落ちるもしがみつき、伯爵はそれを足蹴に踏みつけるが、クラリスが伯爵と身投げ。落ちる伯爵は剣を刺して、しがみつくクラリスの頭を踏みつけ、落ちていくクラリスをルパンも追って水中へ。
伯爵は時計の山羊座の紋章の目のくぼみに二つの指輪をセットし、激震を発生させるが、時計台の単身と長身がてっぺんで一つに重なり、挟まれて死ぬ。
時計台が崩れ、皆は戦いをやめ、溢れ返る水で偽札工場は沈んでいった。
朝、水が消えて、古代ローマの街が浮かび上がり、ルパンとクラリスは眺め歩く。
すると、インターポールの落下傘部隊が到着。クラリスはルパンに付いて行きたいと申し出るが、ルパンは説得し、額にキスをして、老人とカールが現れると、次元達のフィアットに乗り込んだ。
そこに銭形警部が一足遅れて現れ、ルパンにまんまと盗まれたと騒ぎ、クラリスは訂正しようとするが、それがクラリスの心だと知るや、クラリスはうなずき、銭形はパトカーで追いかけた。クラリスは素晴らしき人々との再会を感じた。
たそがれるルパン達の横に、バイクを走らせる不二子が。不二子は偽札の原版を入手し、ルパンは色めくが、銭形のパトカーから逃げる事を優先する事になった。
