一方、本物のショーンは脱獄の手を考え、磁力ブーツを脱ぐためには医務室で拷問を受けるしかないと、刑務官のタバコを奪い取り暴動を起こし運ばれ、先に拷問を受け気絶していたケンカ仕掛人と和解。再び暴動を起こし、ロックを開け、仲間を失うも外へ出ると、会場のヘリポートに。ヘリから掃射を受け、海へとダイブした。
ショーンの家族と殺した息子マイケルの墓参りを終えたキャスターは、ショーンが死んだという報せを聞くが、生存を直感。その頃、生き延びたショーンは車を奪い、イブに逃げろと連絡するが信じてもらえない。続いて局長に電話すると、キャスターが電話に出て宣戦布告。ショーンはキャスターのふりをしてキャスターの仲間のディートリヒとサーシャ達と合流し、協力させ、ショーンのふりをしているキャスターを狙うが、初めて味わうドラッグのショックで倒れ、サーシャに介抱されるところを、監視するポラックスに見つかった。
だがショーンはキャスターとサーシャの間に息子がいると知り、その息子をマイケルと重ねる。だがＦＢＩの突入が始まり、応戦。キャスターによってディードリヒが射殺され、ショーンとキャスターは鏡越しに撃ち合うも、ショットガンに追われて外に出たショーンは、ポラックスを殺して逃げた。弟を殺され怒りのキャスターは、自分を叱る局長を、持病の心臓発作を利用して殴り殺す。
ショーンは自宅に戻り、怯えるイブに事情を話し、血液型の違いを示唆する。その夜、イブは隣でショーンのふりをして眠るキャスターから採血し、確かめたイブは部屋に隠れていたショーンの語る思い出話で信じ、手当をする。明日の局長の葬式を決戦の日と考え、気付いて押しかけたキャスターから逃げた。
届けられたマイケルの写真を握りつぶすキャスター。ショーンと教会で対峙。だがキャスターはショーンの妻と娘を人質にし、ショーンはサーシャを味方につけ、次の一瞬、ショーンはキャスターの手下を倒し、サーシャはショーンを庇い、息子を託して死んでいった。２人の銃撃戦が始まり、巻き込まれる娘ジェイミー。ショーンはキャスターを押さえつけるも、銃を持つジェイミーは２人の父の声に迷い、ショーンを撃ち、キャスターに捕まる。だがバタフライナイフで足を刺し、逃げるキャスターはＦＢＩを殺して補填する。
モーターボートで逃亡し、ショーンも追う。激しいボートチェイスを繰り広げ、ショーンはキャスターのボートに飛び移り、激しい格闘、そして建物に激突。更に格闘を続け、刃を振るうキャスターの左足をショーンは刺し、銛を当てる。キャスターは顔を傷つけようと自分の顔に刃を当て、ショーンは銛でキャスターを貫いた。
ＦＢＩにアーチャーと名字で呼ばれ、安心したショーンは救急車に乗せられる前にキャスターの死体から指輪を奪い返し、ワシントンの医者に胸の銃創は治さないよう頼み、元に戻って帰宅。ショーンはイブ、ジェイミーと抱き合い、連れられたサーシャの息子、アダムを喜んで養子に迎え入れた。
