逃げるマリオンだが、隠れた場所を猿に知らされ、籠に入ったまま拉致され、インディは敵を銃殺して後を追う。
あちこちへ移動するマリオンはトラックに乗せられ、インディは敵のトラックの運転手を撃ち横転させるが、炎上大破させてしまう。
マリオンの死にやけ酒を呷るインディの元に、使いが来てついていくと、そこにはベロックが。自棄になっているインディが身構え、 ベロックの周りの仲間に包囲されると、発掘屋の子供たちに助けられて外へ。
メダルの文字を解読してもらうインディは、敵の持つコピーでは正確にわからないと知り大喜び。だが毒入りの食事を食べる瞬間、 猿が倒れていることに気づいた発掘屋によって間一髪助けられる。
敵の発掘現場を通り抜け、丘に登り、その穴から中へ入ると、旧時代のジオラマが。調べることで杖を立てる場所を知り、メダルを付けた杖を立て、日光が差し込み、アークの位置を割り出す。
気づかれないよう、引き返す最中、テントに逃げ込んだインディは、死んだはずのマリオンと再会。喜ぶが、今逃げたことが知られると大騒ぎになってしまうため、調査を優先するため、マリオンを置き去りにする。
夜、インディは発掘屋とその仲間たちを連れ、現場近くの山に登り、土を掘って天板を見つけ、バールでこじ開け、中を覗くと、祭壇が。 だがよく見ると床には大量の毒ヘビが。
一方、マリオンは好意を持って近づくベロックにもてなされ、食事を食べ、ドレスに着替え、酒を酌み交わす。
インディがヘビを焼き殺している頃、マリオンは食事用のナイフを手に逃げようとする。だがネパールのナチス男が行く手をふさいだ。
黄金のアークを見つけ、運び出すインディだが、夜明けに外に出たベロックたちが異変に気付き、アークと発掘屋を上にあげたところで、包囲され、放り込まれたマリオンとともに閉じ込められてしまう。
手に持ったたいまつでヘビを追い払うものの、それは風前の灯火。インディは壁の穴からヘビたちが出てくるのを見つけ、マリオンに後を任せて、像によじ登り、像を倒す。
壁を壊したインディはマリオンと通路を進み、石を押して壁を開け外へ。
戦闘機に近づくインディは兵士と格闘になって、制するものの、近寄ってきた大男の兵士と格闘になり苦境。援護しようとするコックピットの兵士だったが、大男が邪魔で援護できず、その隙にマリオンに殴り倒される。
そうしてマリオンはコックピットに乗り込むが、蓋が締まり、片輪のストッパーが外れ、戦闘機はその場でぐるぐる回りながら、やむなく周囲の荷物や施設、近づく兵士たちをマシンガンで狙撃する。
そうこうしている内、近くのタンクからガソリンが漏れ出て、ぶちのめされていたインディだが大男は背後から迫るプロペラに巻き込まれて自滅。 インディはマリオンを救出し、戦闘機は大破した。
ナチスの兵たちが大騒ぎの中、テントに隠れていたインディは発掘屋と再会。アークがトラックで運ばれると知ったインディは、イギリス行きの手配とマリオンを任せ、馬に乗ってトラックを追いかけた。
アークを運ぶトラックの運転席を奪取したインディは、後続のトラックや荷台からやってくる兵士たちを次々と弾き飛ばし、左腕を撃たれて追い出されるも、また戻って奪い返し、 前を走るベロック達の車を体当たりで弾き飛ばし、街中へ。車庫に隠れ、前を町民たちにカモフラージュしてもらい、追ってきたベロックの車をやり過ごす事に成功。
発掘屋にインディは挨拶、マリオンはキスし、手配された船に、船長の好意で船長のキャビンを使わせてもらい、一休み。
だが船が止まり、インディは何事かと船長室へ行くと、ナチスのＵボートが行く手を阻んでいた。
船長の指示で身を隠すインディ。だがアークとマリオンが奪われ、インディは引き上げるボートにしがみついて、ナチスのアジトへ。
船着き場の陰で変装し、アークを運ぶ行軍についていき、先回りして、バズーカを向け、アークの無事と引き換えにマリオンの解放を訴えるインディ。だがアークを破壊できないことをベロックに見抜かれ、拘束される。
インディとマリオンは柱に縛り付けられ、ベロックによる儀式が行われ、アークを開けると中身は砂。だが撮影機材などはすべて火花を出して壊れだし、霊体が飛び回り、ベロック達を溶かしてしまった。
アークの蓋は自ら閉じて収まり、目を閉じていたインディとマリオンは霊体から出ていた火で縄が解け、抱き合った。
アメリカに戻り、アークはインディたちの介入を許さず、陸軍情報部の手により、接収されることに。 憤るインディを、外で待っていたマリオンは飲みに誘った。
そしてアークは巨大な倉庫の一角に厳重に封印され、再び眠りについた。
