藤原南家左大臣武智麻呂の四男乙麻呂の後裔為憲が、木工助の官職にあったことから工藤氏を称し伊豆・駿河守となり、その孫時信も駿河守となる。

　二階堂氏は工藤山城守行政を始祖とする系図が多いが、時信の子維遠を先祖とするようである。　

　奥州藤原氏征伐後に源頼朝が戦死者の霊を弔うため建てた永福寺（ようふくじ）の堂宇が二階建てであったので、世人これを二階堂と呼び、やがてこの地も二階堂と称せられるようになり、たまたま行政の邸宅がその近くにあったため、二階堂氏を称するようになったと伝わる。　

　源頼朝に仕えた行政には行光（この子孫を以後行光系という）と行村（この子孫を以後行村系という）という二人の子があり、それぞれ鎌倉幕府の要職に就き、その子孫もまた鎌倉・室町両幕府に於いて有能な吏僚として活躍した。

　二階堂氏の所領は東北地方から九州地方まで全国に散在していて、このため各地に庶流家を輩出し大族として発展したが、そのため戦国時代須賀川城を居城とする二階堂氏が、どの系統の二階堂氏族から出たのかを明らかにすることは困難である。

　なお、二階堂氏族の六郷氏・小出氏は近世大名家として生き残っている。