本研究所の設立に関わるメンバーは、環境・公害問題をめぐって、研究・啓蒙活動・市民運動を幅広く展開してきた。これまで、そうした活動に携わる市民・研究者・学生がネットワークを形成し、大学の施設を有効に活用しながら、情報を共有するとともに、人的・知的・物的資源を相互に融通しあいながら活動の充実を図ってきた。
　このネットワークは、同じテーマを共有する個々人のつながりであると同時に、ここに属する者たちが多様な研究会・活動団体を立ち上げることで団体間のネットワークを形成していくという、動態的・重層的な性格を有してきた。これまでこのネットワークのなかで生まれたグループには、農薬ゼミ、日本カザフ研究会、現代中央アジア研究会、琵琶湖淀川汚染総合調査団、環境問題研究会などがある。
　これまでこのネットワークは、特定の大学研究室を拠点として活動する者たちによる、ゆるやかなつながりを軸にしていた。しかしながら、そうした利用が許される大学施設が得にくくなってきたこと、またこのネットワークにより多くの人々が参加できるようにすることで活動の活発化を促そうとの機運が高まったことから、2003年３月に、大学外に独立の研究所を設けることとなった。
　この新研究所では、これまでの活動を継承するとともに、次のような活動を事業として行うことに決めた。まず、環境・公害問題、およびこれに関連する社会問題をめぐり、学術的な調査・研究を行い、的確な問題把握と解決方法の模索を追求するとともに、研究成果を積極的に公表していく。そして、そうした科学的な視座を背景としながら、啓発・社会教育活動や人材育成、あるいは政策提言を行い、市民社会における環境問題の解決に資する。他方で、環境問題をテーマとして活動する市民や学生を支援するとともに、研究所をそうした諸団体にとっての情報共有とコラボレーションのためのセンターに育て上げていく。
　今日、環境・公害問題に取り組む主体として、市民セクターはこれまで以上に重要な位置を占めている。そうしたなかで市民団体には、公共性と継続性を備えた責任ある主体であることが求められる。それゆえ私たちは、「特定非営利法人市民環境研究所」として再スタートし、活動とネットワークの充実を図ることを決意した。